Scoprire due lignaggi fantasma: come il DNA antico rimodella la storia umana

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Gli esseri umani non si sono semplicemente evoluti. Abbiamo mescolato.

Sappiamo da anni che abbiamo preso in prestito il DNA dai Neanderthal e dai Denisoviani. È risaputo. I non africani portano dall’1 al 2% degli asiatici di Neanderthal e gli oceaniani contengono fino al 5% di DNA denisovano. Ma quella storia era incompleta.

Una nuova ricerca della UC Berkeley suggerisce che ci siamo anche incrociati con due lignaggi “fantasma” che non possiamo vedere. Non lasciano fossili. Niente ossa. Solo segnali silenziosi sepolti nei nostri genomi.

Un lignaggio mescolato con Homo sapiens in Africa oltre 50.000 anni fa. Un altro risale a 1,7 milioni di anni fa in Eurasia. Insieme, costituiscono circa il 2% di ogni persona vivente oggi.

Perché è importante? Perché questi antichi geni non sono rimasti solo per motivi di stile. Ci hanno aiutato a sopravvivere.

Il metodo TRACE rivela antenati nascosti

Per capirlo era necessario un nuovo strumento. I ricercatori hanno sviluppato un metodo computazionale chiamato TRACE. Sta per TRacking Archaic Contributions via ARG (Ancestral Recombination Graph) Estimation.

Non esamina il DNA antico delle ossa. Invece, scansiona centinaia di genomi moderni. Cerca modelli genealogici che risalgono a tempi più antichi di quanto previsto dai modelli standard.

“Pubblicazioni precedenti suggerivano che potessero esistere antenati fantasma… ma non avevano concluso se questa anatomia sconosciuta fosse presente solo negli africani”, ha detto l’autore principale Yulin Zhang.

L’hanno trovato. In tutti.

Non solo in Africa. In ogni popolazione umana sulla Terra.

Un fantasma africano di 800.000 anni

La prima stirpe fantasma si separò dal nostro albero genealogico circa 800.700 anni fa. È più o meno nello stesso periodo in cui i Neanderthal e i Denisoviani si separarono.

Questo gruppo si mescolò con esseri umani anatomicamente moderni prima che migrassimo dall’Africa. Oggi ogni persona porta dallo 0,5% all’1% di DNA proveniente da questa fonte sconosciuta.

È molto diffuso. È sottile. Ed è ovunque.

Il team ha mappato posizioni genomiche specifiche per confermare che non si trattava di rumore. Questi segmenti sono reali. E probabilmente hanno aiutato i primi esseri umani ad adattarsi alle nuove sfide.

L’eredità superarcaica in Eurasia

La seconda stirpe è più antica. Molto più vecchio. Circa 1,8 milioni di anni fa.

Chiamiamolo il gruppo “superarcaico”. Non abbiamo il loro DNA sequenziato. Non sappiamo nemmeno chi fossero nello specifico. Ma tracce del loro DNA sono sopravvissute attraverso una porta di servizio.

Questo antico gruppo si mescolò con i Denisoviani. Non direttamente con gli esseri umani moderni. Quando in seguito i Denisoviani si incrociarono con Homo sapiens, portarono con sé quel DNA super-arcaico.

Questo segnale è più forte in Oceania. Le popolazioni di quella regione presentano livelli insolitamente elevati di ascendenza denisoviana, e di conseguenza superarcaica.

“La scoperta super-arcaica è particolarmente emozionante”, ha affermato il dottor Arjun Biddanda, postdoc alla Johns Hopkins. “Rivela i contributi genetici di un lignaggio vissuto più di un milione di anni fa.”

Perché i nostri corpi dipendono ancora dal DNA arcaico

Allora cosa ci hanno dato questi antichi parenti?

Non è solo storia. È biologia.

Molti di questi segmenti arcaici si raggruppano in geni legati all’immunità e al metabolismo. Hanno aiutato i nostri antenati a gestire nuovi agenti patogeni. Digerire cibi diversi. Sopravvivere ai climi più freddi.

Ciò non è stato casuale. La selezione naturale ha mantenuto ciò che ha funzionato.

“Le varianti benefiche potrebbero quindi essere conservate e diffuse per molte generazioni”, ha osservato la dott.ssa Priya Moorjani della UC Berkeley. “L’incrocio ha introdotto nuove variazioni genetiche”.

Essenzialmente, vigore ibrido. O almeno, fortuna genetica.

Oltre l’Eurasia: cosa ci manca

Fino ad ora avevamo solo sei genomi arcaici ad alta copertura. Tutti dall’Eurasia. Quattro Neanderthal. Due Denisoviani.

L’Africa era uno spazio vuoto. I tempi più profondi erano sfocati.

“Pertanto, la nostra conoscenza… rimane incompleta”, ha detto Zhang.

Questo studio risolve quel punto cieco. Ma solleva anche nuove domande.

E se ci fossero più fantasmi?

I ricercatori sperano di trovare deboli segnali di altri lignaggi man mano che i database globali del genoma si diversificano. Assaggiare più umanità significa vedere più storia.

Anche trovare altri fossili di Denisoviano aiuterebbe. Le sequenze proteiche recentemente estratte dai fossili di Homo erectus potrebbero persino aiutarci a identificare l’antenato superarcaico.

“Abbiamo scoperto che circa il 2% del nostro genoma proviene da omini arcaici”, ha detto Zhang.

Non siamo puri. Non siamo singolari. Siamo un mosaico. E stiamo appena iniziando a vedere il quadro completo.

Recupero delle firme delle introgressioni di ominidi arcaici utilizzando grafici di ricombinazione ancestrale di Yulin Zhang et al. è stato pubblicato il 30 luglio 1026 in Science.

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